程式交易和主觀交易在本質上並沒有什麼差別，都是重複做一樣的事情，如果你的方法或策略有正期望值的話，長期下來你就會有獲利，但是程式交易和主觀交易需要克服的問題不太一樣。
程式交易的優點是沒有人性貪婪與恐懼需要克服，如果你是開始自動下單模式的話，但是缺點是缺乏彈性，先假設你的程式沒有over fitting的問題，因為你的邏輯寫死在程式中，如果有原來沒有思考到的情況發生，你只能事後做修正的動作。另外一點通常因為工具本身的限制，就一般常見的程式交易工具而言，通常沒有辨法處理很複雜的策略或是想法，也有人寫了很複雜的程式，但是很難避開over fitting的問題。所以程式交易有它的優點也有它的限制。


另外一方面，主觀交易最大的優勢在於它的靈活性與彈性，大多數的主觀交易員都有多種不同的策略，通常交易員會判斷最近的盤勢適合那種策略，彈性選擇不同的策略配合最近的盤勢，但是缺點則是人性貪婪與恐懼很難克服，這是為何常常聽到交易員強調交易心態很重要的原因。